Code Geass: Boukoku no Akito bercerita pada tahun 2017 terjadi sesuatu yang sangat gantil yaitu munculnya sebuah organisasi “Black Knights” dan kembalinya sang Zero yang “Mati” . Latarnya adalah di Eropa , di mana “Uni Eropa” (UE) negara-negara sekutu yang sedang diserang oleh kekuatan luar biasa dari Kekaisaran Britannian Kudus sudah di ambang kekalahan dan selalu tersudutkan ketika perang berlangsung .

Dari keputusasaan tersebut Uni Eropa membentuk sebuah kekuatan militir terakhir dan merupakan harapan terakhir untuk menyelesaikan perang ini bernama Unit “W-0” . Salah satu dari kekuatan militer tersebut di kendarai oleh seorang Pilot muda bernama Akito Hyuga . Dan juga seorang mantan Aristocrat Britannian bernama Reila Malkal dengan sukarela datang membantu kekuatan Militer Uni Eropa untuk memenangkan peperangan terakhir . Unit “W-0” atau di kenal dengan komandan “Wyvern” Knightmare korps terdiri dari Remaja-Remaja Jepang yang ingin memperjuangkan kemerdekaan Negara mereka dari kekejaman Kekaisaran Britannian Kudus . Walaupun mereka masih muda dan masih mempunyai sifat yang sangat Labil , mereka tetap percaya mampu mengalahkan Kekaisaran dan merebut kemerdekaan .